A limnologia (do grego, limne - lago, e logos - estudo) é a ciência que estuda as águas continentais, independente da concentração de sais, em relação aos fluxos de matéria e energia e suas interações com a comunidade biótica.

A origem da limnologia se deu no início do século XX, quando François Forel iniciou seus estudos no lago Léman (lago de Genebra, Suíça). Muito embora a limnologia tenha sido originalmente desenvolvida com o objetivo de estudar os ambientes lacustres (i.e., lagos), atualmente os ambientes estudados abrangem os lagos, lagoas, lagunas, reservatórios, rios, e áreas inundáveis.

Os métodos utilizados nos estudos limnológicos foram baseados nos métodos utilizados na oceanografia, fazendo com que a limnologia seja considerada uma ciência irmã da oceanografia.

A compartimentalização das áreas do conhecimento limnológico levou à criação das linhas de pesquisa relacionadas ao estudos das formas (i.e., morfometria) do ambiente lacustre, aos aspectos abióticos da coluna d'água, como as propriedades e dinâmicas da disponibilidade de luz, estratificação térmica e química, além das características do sedimento. Quanto aos aspectos bióticos, as diversas linhas de pesquisa podem ser resumidas em estudos do bacterioplâncton, fitoplâncton, zooplâncton, bentos, macrófitas aquáticas e perifíton.