Há duas escolas sobre as origens da sífilis. Uma defende que é uma doença americana trazida por Colombo ou seus sucessores da América para a Europa. A outra teoria é que a Sífilis é uma doença antiga do Velho Mundo que sofreu mutações que a tornaram mais virulenta no século XVI.
As origens da sífilis não são conhecidas, entretanto poderá ter sido documentada por Hipócrates na Grécia Antiga em sua forma terciária. Seria conhecida na cidade grega de Metaponto aproximadamente 600 a.C., e em Pompéia foram encontradas evidências arqueológicas nos sulcos dos dentes de crianças de mães com sífilis.
Outros historiadores acreditam que o T. pallidum terá causado doenças cutâneas como a pinta e a framboesia em medievais na Europa, afecções que eram classificadas erroneamente como lepra, e que esse T.pallidum terá durante o século XVI sofrido mutação convertendo-se no T. pallidum que causa a sífilis. De facto a sífilis surgiu repentinamente no século XVI, e os europeus não apresentavam resistência contra ela, morrendo em números consideráveis e apresentando sintomas abruptos e floridos completamente diferentes dos observados hoje. Com a endemicidade da doença, ambos parasita e ser humano se terão adaptado um ao outro, surgindo gradualmente a sífilis mais moderada de hoje.
Sua transmissão entre soldados de vários exércitos, cursando com lesões de pele, fez com que surgissem os diversos nomes como "mal espanhol", "mal italiano", "mal polonês" etc.
Originalmente, não havia nenhum tratamento efetivo para sífilis. O comum era tratar com guáiaco e mercúrio. Mas foi somente no século XX que efetivamente surgiu o tratamento para a sífilis.
Em 1906 surgiu o primeiro teste efetivo para a sífilis, o teste de Wassermann. Embora tivesse alguns resultados falso-positivos, era um grande avanço no tratamento e prevenção da sífilis. Esta prova permitiu o diagnóstico antes do aparecimento dos sintomas da doença, permitindo a prevenção da transmissão de sífilis a outros, embora não provesse uma cura para esses infetados.
Como a doença foi melhor entendida, tratamentos efetivos começaram a ser procurados, começando com o uso de drogas contendo arsênico - Salvarsan em 1910. Um tratamento experimentado foi o uso da malária; esperava-se que a intensa febre produzida pela malária fosse suficiente para exterminar o espiroqueta. Embora isto deixasse o paciente com uma infecção por malária, considerava-se que era preferível a malária do que os efeitos a longo prazo da sífilis.
Finalmente, estes tratamentos ficaram obsoletos e esquecidos após a descoberta da penicilina e sua difusão depois de Segunda Guerra Mundial, o que permitiu aos médicos pela primeira vez curar a sífilis efetivamente.
Em um dos episódios mais vergonhosos do século XX, de 1932 a 1972 em Tuskegee (cidade do Alabama, EUA), foi realizado um estudo sobre a sífilis. Num atentado contra a ética médica e a moral, neste estudo, um grupo de negros americanos permaneceu sem tratamento para poder ser avaliado o curso natural da sífilis em um grupo, apesar de já existirem medicamentos para seu tratamento efetivo. O polêmico estudo rendeu vários artigos científicos que foram publicados em renomadas revistas técnicas. As questões sobre a ética do estudo foram denunciadas pela repórter Jean Heller do New York Times em 26 de julho de 1972 e em novembro de 1974 foi publicado o relatório final do estudo.
Em 17 de julho de 1998, na revista científica Science, um grupo de biólogos reportou a seqüência exata do genoma do Treponema pallidum.

FONTE: Wikipédia